اینکه برای اولین بار چه کسی و کجا اقدام به خالکوبی بر روی پوست کرده مشخص نیست ولی احتمال می رود خالکوبی یک کشف تصادفی بوده باشد. قدیمیترین نمونه های بدست آمده خالکوبی بر روی پوست اجساد مربوط به 5000 تا 10000 سال پیش در (ایتالیا-مصر-ایران-استرالیا و آسیا) بوده است.
خالکوبی در ایران به ادوار بسیار قدیم تاریخی باز می‌گردد. تندیسه‌هایی در پازیریک و لرستان از دوره هخامنشیان یافت شده‌است که نشان خالکوبی بر بدنشان بوده‌است. مولوی در مثنوی معنوی، در ضمن داستان پهلوان قزوینی (شیر بی یال و دم) به عمل خالکوبی با عنوان کبودی زدن اشاره می‌کند. (ویکیپدیا)
زنان معمولاً برای زیباتر شدن اقدام به خالکوبی می‌کرده‌اند. گاه نیز به دلایل خرافی همچون افزون شدن مهر شوهر، سپید بختی و یا دورکردن چشم بد این عمل را انجام می‌داده‌اند. گاه نیز از خالکوبی به عنوان یک روش درمانی برای گلودرد (خالکوبی بر گلو). پهلوانان و شبه پهلوانان، معمولاً خال را بر بازو یا سینه و به نقش شیر و اژدها می‌کشیدند.